Kościół w Bukowinie wybudowano w 1675 roku jako tzw. rektorski.Otóż w 1600 roku Jan Zamoyski ,oddał tę wieś Akademii Zamojskiej,powołanej 5 lat wcześniej.Od tego czasu Bukowina stała się wsią akademicką i letniskiem dla profesorów Akademii.Po likwidacji Akademii przez Austriaków do bukowińskiego kościoła trafiły cenne obrazy, będące na wyposażeniu tej uczelni.Do dziś na boku prezbiterium światyni podziwiać można stare obrazy przedstawiające dawny widok Zamościa i Szczebrzeszyna.